Asse portante della Federazione,
il Settore Acque Interne provvede ad elaborare regolamenti e calendari delle varie manifestazioni agonistiche di pesca nelle acque interne
(torrenti, laghi, fiumi).
L'evoluzione delle tecniche e delle attrezzature di pesca ha portato negli anni allo sviluppo di molteplici specialità: pesca al colpo, trota lago, trota torrente (tecnica tradizionale e spinning), trota a mosca, carp fishing, pesca al black bass, lancio tecnico costituiscono il terreno su cui si confrontano gli agonisti in manifestazioni a carattere provinciale, regionale, interregionale, nazionale e internazionale.
Particolare attenzione viene rivolta dal Settore Acque Interne ai giovani, con iniziative specifiche mirate ad avvicinare i ragazzi a questa attività.